Como toda versão especial, há várias incrementações. Uma das mais notáveis é a participação maior do
pokémon lendário Suicune (que está na capa do jogo) e também dos Unowns. Outra muito notável é
a possibilidade de escolher o sexo do personagem principal, o que se tornou padrão na série.
A história é basicamente a mesma da versão anterior. Gold (ou Crystal) vive na cidade de New Bark,
onde o Professor Elm lhe pede para encontrar o pesquisador Mr. Pokémon e entregar-lhe um encomenda
dele. Para se proteger no caminho, Gold/Crystal recebe do professor um pokémon. Mais tarde um
dos pokémons de Elm é roubado por Silver, um garoto revoltado que torna-se seu rival. Assim começa
a jornada para catalogar todos os pokémons á pedido do Professor Oak e também enfrentar todos os
poderosos oponentes para conseguir o título de Mestre Pokémon.
Cindaquil: O Pokémon do tipo Fogo. Ele representa a dificuldade
fácil, pois seu alto poder de ataque é de muita ajuda no primeiro ginásio, do tipo Voador, e tem
vantagem no segundo ginásio, de pokémons Insetos.
Cindaquil evoluirá para Quilava no nível 16 e depois para Typhlosion no nível 32.
O tipo Fogo tem vantagem contra os tipos Grama, Inseto, Gelo e Metálico; Possui desvantagem
contra os tipos Água, Pedra e Terra. Seus golpes também não são muito efetivos contra Dragões.
Se você escolher Cindaquil, seu rival escolherá o Totodile.
Totodile: O Pokémon do tipo Água. Ele representa a dificuldade
média, pois não tem vantagem ou desvantagem contra nenhum dos dois primeiros ginásios.
Totodile evolui para Croconaw no nível 16 e Feraligatr no nível 32.
O tipo Água tem vantagem de ataque contra os tipos Fogo, Pedra e Terra, e vantagem de defesa contra
Água, Gelo e Metálico; Possui desvantagem contra os tipos Grama e Elétrico (esse último não tem
resistência aos seus ataques). Seus golpes também são pouco efetivos contra Dragões.
Se você escolher Totodile, seu rival escolherá Chicorita.
Chicorita: O Pokémon do tipo Grama. Ele representa a dificuldade
difícil, já que tem desvantagem contra os dois primeiros ginários, que são de Voador e Inseto.
Chicorita evolui no nível 16 para Bayleef e evolui no nível 32 para Meganium.
O tipo Grama tem vantagem contra Água, Pedra e Terra, além de ter resistência aos ataques Elétricos;
Possui desvantagem contra Fogo, Voador, Veneno, Inseto e Gelo, além de seus ataques serem pouco
efetivos contra Dragões. Se você escolher Chicorita, seu rival escolherá Cindaquil.
Ao andar pela grama alta, andar dentro de uma caverna ou
surfar na água, um pokémon selvagem poderá aparecer e você deverá enfrentá-lo. Se um treinador que
estiver parado em algum local ver você, uma batalha também ocorrerá. É através das batalhas que seus
pokémons poderão ganhar pontos de experiência para subirem de nível e ficarem mais fortes. Ao perder
uma batalha você volta para o último Centro Pokémon que visitou e perde parte de seu dinheiro.
Na tela de batalha o pokémon inimigo fica na parte superior da tela e o seu pokémon fica abaixo, de
costas para você.
Abaixo dele é mostrada a caixa de mensagens e a caixa de comandos. Os comandos são:
Fight: Ao entrar nesta opção, aparecerá a caixa com os golpes de
seu pokémon. Cada criatura só pode ter no máximo quatro movimentos. Nem todos são ataques diretos.
Alguns movimentos podem causar alterações de status nos oponentes, por exemplo.
Pack: Entrando nesta opção, a tela de batalha mudará para a
tela de itens. Aqui você poderá escolher um de seus itens. Ao fazer isso a tela muda para a tela
de pokémons, para que você selecione qual pokémon deverá receber o item. Se entrar no bolso de
pokébolas, poderá selecionar uma bola para tentar capturar um pokémon selvagem que esteja
enfrentando.
Pokémon: Usando esta opção, você será levado para a tela que exibe
os pokémons que você tem no momento (seis no máximo). Aqui você poderá trocar o pokémon que
está no campo de batalha por outro.
Run: Aperte esta opção para fugir da batalha. Dependendo do pokémon
selvagem que estiver enfrentando, você pode não conseguir fugir na primeira tentativa.
É impossível fugir de batalhas contra treinadores.

Violet City: Líder: Falkner - O primeiro ginásio tem um líder
especializado em pokémons do tipo Voador (e também do tipo Normal). Ele usa um
Pidgey e sua primeira evolução Pidgeotto.

Azalea Town: Líder: Bugsy - A enciclopédia ambulante de
Pokémons Insetos usa Metapod, Spinarak e Scyther.

Goldenrod City: Líder: Withney - O ginásio de Goldenrod
conta com os pokémons do tipo Normal. As criaturas da líder são Clefairy e Miltank.

Ecruteak City: Líder: Morty - O quarto ginásio parece o Jurassic
Park, pois só tem criaturas pré-histórica (os treinadores são todos velhos), a exceção do líder.
Ele é especializado em pokémons Fantasma. Morty usa como pokémons um Gastly, dois Haunter e um
Gengar.

Cianwood City: Líder: Chuck - O líder lutador é especializado em
pokémons Lutadores (seria estranho se não fosse). Suas criaturas são: Primeape e Poliwrath.

Olivine City: Líder: Jasmine - A líder da cidade portuária de Johto
não está no Ginásio. Você deverá trazer um remédio para Jasmine cuidar de um pokémon para que ela
volte ao ginásio e aceite seu desafio. Os monstrinhos que ela usa são dois Magnetons e um
Steelix.

Mahogany Town: Líder: Price - O ginásio da cidade ninja é
especializado em Gelo. O velho líder usa Dewgong, Swinub e Piloswine.

Blackthorn City: Líder: Clair - A última cidade abriga o Ginásio de
Dragões. A líder usa três Dragonairs e um Kingdra. Depois que você a derrota, Clair não lhe dará
a insignia. Você deverá ir até o templo em Dragons Den para ser merecedor na ínsignia.