Como toda nova geração que se preze, Ruby e Sapphire trás mudanças. Uma mudança ruim é que as
mudanças entre dia e noite estão ausentes, assim como os eventos baseados pelo dia da semana.
A história começa quando Brendan (Ruby) / May (Sapphire), filho(a) do novo líder da cidade de
Petalburg está se mudando para a cidade de Littleroot. Lá o personagem conhece o professor
Birch e seu(sua) filho(a) (que é exatamente o outro personagem). O professor está em perigo com o
Pochienna, é e aí que o personagem pega um pokémon de Birch para ajudar, ganhando o mostrinho como
agradecimento. A partir daí os personagens seguem pelo mundo para enfrentar o Team Aqua e o
Team Magma, que pretendem acordar os Guardiões Kyogre e Groudon para modificar o mundo. Além
disso eles devem enfrentar os Líderes de Ginásio e a Elite 4 para conquistar o posto de maior
Mestre Pokémon.
Treecko: O Pokémon do tipo Grama. Ele representa a dificuldade
média, pois tem vantagem no primeiro ginásio, o de Pedra.
Treecko evolui no nível 16 para Grovyle e evolui no nível 32 para Sceptile.
O tipo Grama tem vantagem contra Água, Pedra e Terra, além de ter resistência aos ataques Elétricos;
Possui desvantagem contra Fogo, Voador, Veneno, Inseto e Gelo, além de seus ataques serem pouco
efetivos contra Dragões. Se você escolher Treecko, seu rival escolherá Torchic.
Torchic: O Pokémon do tipo Fogo. Ele representa a dificuldade
difícil, pois tem desvantagem contra o primeiro ginásio.
Torchic evoluirá para Combusken no nível 16 e depois para Blaziken no nível 32.
O tipo Fogo tem vantagem contra os tipos Grama, Inseto, Gelo e Metálico; Possui desvantagem
contra os tipos Água, Pedra e Terra. Seus golpes também não são muito efetivos contra Dragões.
Quando evoluir, ele ganhará o tipo Lutador, perdendo então a sua desvantagem contra Pedra.
Se você escolher Torchic, seu rival escolherá o Mudkip.
Mudkip: O Pokémon do tipo Água. Ele representa a dificuldade
fácil, pois possui dupla vantagem contra o primeiro ginásio.
Mudkip evolui para Marshtomp no nível 16 e Swampert no nível 32.
O tipo Água tem vantagem de ataque contra os tipos Fogo, Pedra e Terra, e vantagem de defesa contra
Água, Gelo e Metálico; Possui desvantagem contra os tipos Grama e Elétrico (esse último não tem
resistência aos seus ataques). Seus golpes também são pouco efetivos contra Dragões.
Quando evolui ele ganha o tipo Terra, fazendo com que perca sua vantagem de defesa contra Água e
Gelo. Se você escolher Mudkip, seu rival escolherá Treecko.
Ao andar pela grama alta, andar dentro de uma caverna ou
surfar na água, um pokémon selvagem poderá aparecer e você deverá enfrentá-lo. Se um treinador que
estiver parado em algum local ver você, uma batalha também ocorrerá. É através das batalhas que seus
pokémons poderão ganhar pontos de experiência para subirem de nível e ficarem mais fortes. Ao perder
uma batalha você volta para o último Centro Pokémon que visitou e perde parte de seu dinheiro.
Na tela de batalha o pokémon
inimigo fica na parte superior da tela e o seu pokémon fica abaixo, de costas para você.
Abaixo dele é mostrada a caixa de mensagens e a caixa de comandos. Os comandos são:
Fight: Ao entrar nesta opção, aparecerá a caixa com os golpes de
seu pokémon. Cada criatura só pode ter no máximo quatro movimentos. Nem todos são ataques diretos.
Alguns movimentos podem causar alterações de status nos oponentes, por exemplo.
Pokémon: Usando esta opção, você será levado para a tela que exibe
os pokémons que você tem no momento (seis no máximo). Aqui você poderá trocar o pokémon que
está no campo de batalha por outro.
Bag: Entrando nesta opção, a tela de batalha mudará para a
tela de itens. Aqui você poderá escolher um de seus itens. Ao fazer isso a tela muda para a tela
de pokémons, para que você selecione qual pokémon deverá receber o item. Ou pode escolher
pokébolas.
Run: Aperte esta opção para fugir da batalha. Dependendo do pokémon
selvagem que estiver enfrentando, você pode não conseguir fugir na primeira tentativa.
É impossível fugir de batalhas contra treinadores.

Rustboro City: Líder: Roxanne - O primeiro ginásio tem uma líder
especializado em pokémons do tipo Pedra (como no primeiro Pokémon). Ela usa um
Geodude e um Nosepass.

Dewford Town: Líder: Brawly - O espirito lutador (seu nome em japonês
significa isso literalmente) usa Machop e Makuhita.

Mauville City: Líder: Wattson - O ginásio de Mauville
conta com os pokémons do tipo Elétrico. As criaturas do líder são Magnemite, Voltorb e Magneton.

Lavaridge Town: Líder: Flannery - O quarto ginásio é o mais
quente de todos e conta com a bela líder Flannery.
Ela é especializada em pokémons de Fogo. A garota usa como pokémons dois Slugma e um
Torkoal.

Petalburg City: Líder: Norman - O líder pai é especializado em
pokémons Normais. Suas criaturas são: dois Slaking e um Vigoroth.

Fortree City: Líder: Winona - O ginásio da cidade nas árvores de Hoenn
não está disponível. Você deve obter o Devon Scope para ver os Kecleon que bloqueam o caminho.
Os monstrinhos que ela usa são Swellow, Pelipper, Skarmory e Altaria.

Mossdeep City: Líder: Tate & Liza - O ginásio da distante cidade é
especializado em Psíquicos. Os líderes gêmeos usam Solrock e Lunatone.

Sootopolis City: Líder: Wallace - A última cidade abriga o Ginásio de
Água. O líder usa Luvdisc, Whiscash, Sealeo, Seaking e Milotic. Mas você só poderá desafiar o líder
depois de resolver os problemas na Cave of Origin.