Além dos itens descritos na sessão Itens Normais, existem mais itens importantes no jogo. São as já conhecidas Chaos Emeralds. Você precisá pegar todas estas pedras para poder finalizar o jogo.
As Chaos emeralds servem para liberar o Super Sonic. Assim você poderá ver o
final extra do jogo. Mas é necessário antes achar as Special Springs pelos estágios.
Special Springs
Em cada um dos cursos (excluindo X-Zone) você
encontrará as Special Springs. Ao pular em cima delas você será transportado
para o estágio especial, onde você deverá cruzar os checkpoints com a quantidade
pedida de anéis. Vencendo-o,
você ganha uma Chaos Emerald, caso contrário, será necessário entrar novamente
no estágio e recolher mais anéis.

Você descerá por um túnel usando uma prancha. É necessária atenção para não encostar
nas bombas e perder os anéis que você já tem.

Emeralds
Assim como nos outros games de Sonic, há sete Esmeraldas do Caos (exceto
Sonic the Hedgehog 1, que tinha seis). Neste game as esmeraldas são compartilhadas
entre todos personagens, ou seja, se você pegar uma determinada Esmeralda com Sonic,
você não precisará pegá-la com um dos outros três. Pegando
todas, Super Sonic ficará disponível, sendo que você deve vencer a fase X-Zone com
Sonic para poder jogar com sua super forma em Moon Zone. Super Sonic é o melhor.