Este é detonado para o jogo com Super Sonic. Ele é o último personagem. Você começará o jogo com o Sonic normal, só transformando-se em Super Sonic depois. Aqui será apenas a batalha final entre Sonic e Chaos.
Tudo começa com a Angel Island caindo do céu novamente. Knuckles não entende por que a ilha caiu, uma vez que a Master Emerald está totalmente restaurada, mas ele crê que as seis esmeraldas que ele trouxe tem algo a ver com isso. Eggman aparece em sua pequena nave andando pela floresta de Mystic Ruins, praguejando contra Sonic. No meio do caminho, ele encontra uma poça d'água. É Chaos! A cena volta para Angel Island, onde o equidna vê Eggman caído, mas quando ele vai ver o que é, Chaos ataca-o também. Tails irá até Sonic e dirá que a Ilha Flutuante caiu novamente. Vá para a Ice Cap e siga para a entrada de Angel Island e uma curta cena surgirá e depois uma seqüência de sonho.
Na seqüência do sonho, vá até o santuário das esmeraldas e veja uma cena em que Tikal tenta impedir seu pai de roubar as Chaos Emeralds. Porém é inútil e ele tenta roubá-las. Chaos surge e usa o poder das Chaos Emeralds para deter os equidnas. Suba para ver outra cena com Tikal e a Master Emerald.
Após a seqüência do sonho, vá até a parte principal
e pegue o carro de mina. Você verá uma cena em que Chaos pega a
última esmeralda e como Perfect Chaos, destrói Station Square.
Sonic chega a Station Square e vê toda a destruição.
Eggman reaparece em sua Egg Carrier 2, que ele havia destruído
caso algo assim acontecesse. Porém Perfect Chaos com uma rajada de energia
destrói a fortaleza voadora, que cai na água. Eggman sai em sua nave
totalmente fora de controle.
O ouriço percebe
aquela luz misteriosa e deduz que a luz é Tikal. A equidna mostra sua
verdadeira forma. Ela explica que selou Chaos no passado quando
ele ficou descontrolado. Ela diz que eles precisam selá-lo
novamente. Sonic diz que isto não adiantaria, pois ele continuaria
triste e zangado. Os outros personagens surgem e com seus
pensamentos positivos energizam as Chaos Emeralds e Sonic vira
Super Sonic.
Super Sonic conseguiu neutralizar a energia negativa de Perfect Chaos. Chaos perdeu a força das esmeraldas e voltou a sua forma 0. Vários Chao aparecem e rodeiam-no. Tikal surge e explica que aqueles são os Chao que ele estava protegendo. Agora eles vivem pacificamente junto com os seres humanos. A equidna agradece a Sonic por tudo. Ele desaparece no ar, levando Chaos junto. O ouriço percebe que Eggman sobreviveu a queda da Egg Carrier 2. Tails vai falar com Sonic, mas ele já saiu correndo em busca de novas aventuras.