Os estágios de Sonic the Hedgehog 3 & Knuckles são divididos em dois atos que você deve concluir. No primeiro ato você enfrenta um subchefe, que é um robô de Eggman, enquanto que no segundo ato você enfrenta o próprio cientista.
Diferente dos games anteriores, ao final do primeiro ato,
o personagem enfrenta um robô que é o subchefe da zona e ao derrotá-lo
uma placa cairá do céu girando com os rostos dos personagens do game, incluindo Eggman.
Quando o personagem deixá-la cair, a placa mostrará o rosto dele. Se Sonic for o personagem
que você estiver jogando, será o rosto dele que a placa mostrará.
Enquanto a placa está girando no ar, o personagem pode mover-se livremente. Ao pular e acertar
a placa, você ganha pontos. Quando você deixá-la cair no chão, ela pode achar um item
escondido. Se isso acontecer, a placa saltará novamente para o ar, permitindo que você
pule nela para pegar mais pontos e cair em outro ponto que tenha um item escondido.
No final do ato 2 o personagem enfrentam Eggman. Você deve derrotá-lo para poder
concluir o ato e, consequentemente, a zona.
Ao derrotar o cientista louco, ele foge. Você terá acesso ao ovo-jaula e
deve pressionar o botão na sua parte superior para libertar os animais. Os passarinhos
ficaram voando em volta do personagem, como uma forma de agradecimento.