Em Sonic 3 & Knuckles há uma característica bem legal, os Estágios de Bônus. Neles você pode ganhar anéis, barreiras e até vidas.
Os postes de
estrelas de Sonic 2 continuam, mas agora um pouco diferente.
Ao passar por um poste, se você estiver com vinte ou mais anéis, abrirá um círculo de estrelas, como antes. Estes postes continuam marcando o seu local. Se você morrer, você pode começar deste ponto. Ao entrar no círculo, você não será mandado para o Special Stage para pegar a Esmeralda, e sim para um dos três Bonus Stage. Os Bonus Stage são locais onde você pode arrecadar itens, como anéis e barreiras.
O primeiro deles é baseado no estágio especial do Sonic 1. É o mesmo
tipo de cenário, só que com o viciante Slot Machine de Casino Night de
Sonic 2. Os sistema da máquina é o mesmo. Para sair do estágio é só
quando o personagem toca nas esferas vermelhas escrito "GOAL". A diferença
é ao tocar nas paredes no estágio, elas vão mudando. Inicialmente elas
são azuis, mas ao serem tocadas viram amarelas, depois vermelhas e por fim
na esferas "GOAL". Aqui também você pode ganhar alguns Continues.
Em um deles, Sonic estará em um local psicodélico,
girando em bolas. De baixo vem um raio, que se encostar no herói, leva-o
para fora do estágio. O objetivo é pegar as pequenas bolinhas de energia
que tornam-se itens ao serem tocadas.
Outro deles, Sonic estará em um local com um grupo de molas abaixo
(que caem logo de depois de serem tocadas, deixando um buraco) e
molas nas laterais. O objetivo é quicar até alcançar o topo, onde
há um recipiente com itens. ao tocar na alavanca, um item cai. O
recipiente vai caindo conforme as molas das paredes vão sendo gastas.
O estágio acaba quando você cai no buraco.