Além dos itens descritos na sessão Itens Normais, existe um tipo de item bem peculiar, as Chaos Emeralds. Essas pedras místicas possuem grandes poderes e só com elas Sonic pode restaurar a paz, abalada pelo Dr. Robotnik. Eggman também está atrás das pedras (e porque não?), então é necessário pegá-las antes.
Ao final de cada ato, se você concluir com cinquenta ou mais anéis, junto
à placa, haverá um anel gigante flutuante. Ele é como se fosse um portal para
o Special Stage.
Ao entrar no anel, você entra no estágio especial. Este é um local totalmente
psicodélico, em que Sonic fica rolando como se fosse uma bola de pinball.
Nestes estágios você controlará Sonic girando, evitandop que ele bate em obstáculos.
Você também pode controlar a rotação do cenário, algo essencial para avançar pelo estágio.
Dos obstáculos, os mais perigoso são as esferas vermelhas. Se você tocá-las, o Estágio Especial acaba
da pior maneira. O importante é você chegar no local onde fica a
Chaos Emerald. Lá haverão vários bloquinhos, que Sonic precisa tocá-los para
que desapareçam e você possa pegar a pedra.
Coletando todas Chaos Emeralds, você poderá se transformar em Super Sonic após
ter pelo menos cinqueta anéis. Esta forma consumirá os anéis até eles zerarem.
Ao todo existem sete Chaos Emeralds e serão necessárias
todas elas para ver o final verdadeiro do jogo.