Além dos itens descritos na sessão Itens Normais, existe um tipo de item bem peculiar, as Time Emeralds. Essas pedras místicas possuem grandes poderes e só com elas Sonic pode restaurar o Little Planet, desvastada pelo Dr. Robotnik. Eggman também está atrás das pedras, então é necessário pegá-las antes.
Ao final de cada ato, se você concluir com cinquenta ou mais anéis, junto
à placa, haverá um anel gigante flutuante. Ele é como se você um portal para
o Special Stage.

Ao entrar no anel, você entra no estágio especial. Este local você terá a visão
por trás de Sonic e correrá por um local com vários UFOs. Há um caminho por
terra firme, além de alguns obstáculos e água. Ao tocar na água ou cair em
obstáculo pelo caminho, seu tempo diminui. O cronômetro regressivo indica o
tempo que Sonic tem. Quando o contador chega a zero, você sai do Estágio
Especial sem a esmeralda.
Seu objetivo é destruir os UFOs dentro do tempo
limite. Caso você destrua todos, você será presenteado com uma das Time
Emeralds.